Les tombes de Francisco Marto et Jacinta Marto, sont situées respectivement à droite et à gauche du transept. La tombe de leur cousine Lúcia dos Santos est située à côté de celle de Jacinta.

L'église avait à l'origine deux sacristies. L'une d'elles a été transformée une chapelle dédiée à saint Joseph.

Un des autels latéraux dédié à la présentation de Jésus au Temple, et à l'Enfant Jésus de Prague.

Quatorze autels latéraux sont disposés dans l'église (de chaque côté de la nef). Chaque autel est dédié à un mystère du Rosaire. Les bas-reliefs, relevés d'or, sont l’œuvre d'un jeune sculpteur Martinho de Brito. Le 5^e mystère glorieux est présenté par le bas-relief du chœur de l'église qui trône au-dessus de l'autel principal de la basilique.

Tout autour de la croisée du transept, sur une mosaïque de décoration, il est écrit (la) « Regina Sacratissimi Rosarii Fatimae ora pro nobis » (Priez pour nous Reine du Très Saint Rosaire de Fatima). La mosaïque a été offerte par des catholiques de Singapour.