Formation de l'ordre des Jésuites

Fondation de l'ordre des jésuites (1538-1541)
En novembre 1538, Paul III, après plusieurs contacts avec Lainez, reçoit Ignace et ses compagnons venus faire leur « oblation » au pape. Celui-ci leur ordonne de venir travailler à Rome qui sera leur véritable Jérusalem. C'est la première ébauche officielle de la Compagnie de Jésus.
De mars à juin 1539, selon les minutes rédigées par Pierre Favre, ils débattent de la forme à donner à leur action, devoir d’obéissance, cohésion du groupe alors que l’activité missionnaire disperse les Jésuites, rôle dans l’éducation. En août 1539, Ignace, Codure et Favre esquissent des constitutions de la Compagnie avec quelques points forts : l’obéissance à un Préposé général, l’exaltation de la pauvreté, le refus du cérémonial monastique, et en particulier de la prière collective et des mortifications. Ignace de Loyola soumet, par l’intermédiaire du cardinal Contarini, ce texte à Paul III qui réside l’été à la Rocca Pia à Tivoli et en approuve le contenu le 3 septembre 1539.
La création de la Compagnie de Jésus est acceptée par le pape Paul III le 27 septembre 1540, dans sa bulle Regimini militantis ecclesiæ.
Le 22 avril 1541, Ignace est élu, malgré ses réticences, premier supérieur général de la Compagnie de Jésus puis il fait avec ses compagnons, sa profession dans la basilique Saint-Paul-hors-les-Murs. L’ordre est dès lors constitué.

Rédaction des Constitutions de la Compagnie de Jésus (1547-1556)
Ignace est chargé dès 1541 de mettre au point l'organisation de la compagnie. Mais il commence ce travail seulement en 1547, introduisant dans la pratique des coutumes destinées progressivement à devenir les règles de l'ordre.
Il réalise entre 1547 et 1550 une première version intitulée Formula Instituti, mais il sollicite aussitôt l’approbation du pape pour en réaliser une deuxième. Jules III, élu en mars 1550, accepte cette demande par la bulle Exposcit Debitum (21 juillet 1550).
Parallèlement, un nombre important de pères révisent le premier texte. La deuxième version achevée par Ignace en 1552 est assez différente. Cette version est promulguée et prend force de loi dans la compagnie.
Sous le successeur d'Ignace, Jacques Lainez, est réunie la première congrégation générale de la compagnie, qui décide d’imprimer le texte de 1556 sous le titre de Constitutions, qui vont ensuite rester inchangées jusqu'à la trente-quatrième congrégation en 1995.

Premières missions des Jésuites ; le collège de Messine
Ignace envoie très vite ses compagnons dans les pays d'Europe encore catholiques afin de créer un réseau de collèges et de séminaires.
Le premier collège jésuite est fondé dans le royaume de Sicile, une des nombreuses possessions de Charles Quint, en 1548. En effet, en 1547, Charles Quint nomme vice-roi de Sicile son ambassadeur à Rome, Juan de Vega. Celui-ci connait Ignace de Loyola et apprécie ses projets. Il incite donc les Jésuites à venir en Sicile, où le premier collège, fondé à Messine, a rapidement du succès, de sorte que ses règles et méthodes seront par la suite reproduites dans les autres collèges.
En 1556, la Compagnie de Jésus compte plus de mille membres répartis dans douze provinces, soixante-douze résidences et soixante-dix-neuf maisons et collèges.