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Le 18 mars 1536, la vierge Marie apparut à un vieux paysan, Tonio Botta, près de Savone et lui dit : «N'aie pas peur ! je suis la Vierge Marie. Dit au peuple de faire pénitence en l'honneur du Christ et de sa Mère ». 

En 1645, Orto, un capitaine marin, ramena à Ajaccio une statuette de la Vierge. Lors d'une rixe, un ordre jaillit de la statuette et les combattant, effrayés, s'arrêtent sur le champs. 
Une grande statue de Notre Dame de la Miséricorde fut alors placée à l'église des Jésuites, aujourd'hui Eglise Saint Erasme. 

En 1656, une peste – comme il en éclatait souvent alors – ravagea la cité de Gêne et menaçait de toucher Ajaccio. Les habitants d'Ajaccio mirent toute leur confiance dans Notre dame de la Miséricorde qui préserva leur ville de ce mal contagieux. 

C'est à la Cathédrale, le 18 Mars 1661 que les Magnifiques Anciens prononcèrent à genoux le vœu définitif et solennel où ils acceptent la Très Sainte Vierge pour Protectrice, Patronne et Avocate d'Ajaccio, la remercie pour tous ses bienfaits, et promettent que chaque année, le doyen d'âge des Magnifiques Anciens mobilisera ses collègues pour célébrer le jour du 18 mars à la perfection.  C’est l’accomplissement de cette promesse qui perdure depuis. La Chapelle de la Miséricorde, à l'intérieur de la cathédrale, fut inaugurée en 1750 mais les travaux de sculpture ne furent terminés qu'en 1752.