Les apparitions ont été reconnues par Monseigneur José Alves Correia da Silva, évêque de Leiria, le 13 octobre 1930, soit treize ans après la dernière apparition de la Vierge à Fatima.

Après cette reconnaissance, beaucoup d’autres suivirent venant de tout l’épiscopat portugais. Le cardinal de Lisbonne affirme que Fatima s’est imposé à l’Eglise.

Les visites des papes attestent la reconnaissance solennelle et publique des apparitions de Fatima de la part de l’Eglise :

• Paul VI, le 13 mai 1967
• Jean Paul II, les 13 mai 1982, 1991, 2000
• Benoît XVI, le 13 mai 2010
• François, le 13 mai 1967

L’année jubilaire 2000 fut la plus importante de l’histoire de Fatima. Le pape vint pour la troisième fois à Fatima. Il béatifia les deux pastoureaux François et Jacinthe. Il révéla la troisième partie du secret de Fatima, dont le texte fut rendu publique le 26 juin 2000, par le cardinal Ratzinger, alors Préfet de la Congrégation de la Doctrine de la Foi. A la demande de Jean Paul II, la statue de Notre-Dame, de la petite chapelle des Apparitions, fut emmenée à Rome. Devant elle, entouré d’environ 1500 évêques du monde entier, invités pour le jubilé, le pape consacra le troisième millénaire au Cœur Immaculé de Marie.

Le 13 décembre 2000, un nouveau livre de Sœur Lucie « Appels du message de Fatima » fut présenté. Ce livre est une exposition catéchétique sur les événements et le message de Notre-Dame, à la Cova da Iria de 1917.