La chapelle de la Sainte Famille

Cette chapelle est située sous la colonnade nord. Elle est surtout utilisée par des groupes de pèlerins qui visitent le sanctuaire et célèbrent l’eucharistie ici. 

La Chapelle du Saint Sacrement

Depuis le 13 juillet 2008, la chapelle du Saint Sacrement est située dans le complexe de la basilique de la Très Sainte Trinité. Cette chapelle de 200 places est continuellement accessible. Cette chapelle reprend la mission d'adoration perpétuelle eucharistique, débutée le 1er janvier 1960 dans le sanctuaire. L’adoration est assurée par les Sœurs Réparatrices de Notre-Dame des Douleurs de Fatima.

Chapelles de la Réconciliation

Deux chapelles, entièrement destinées au sacrement de réconciliation sont présentes dans le complexe de la basilique de la Sainte Trinité : la chapelle du Sacré Cœur de Jésus et la chapelle du Cœur Immaculé de Marie. Ces chapelles sont accessibles par les portes « des Apôtres saint Pierre et saint Paul ».

Chapelle de la Mort de Jésus

Cette chapelle, d'une capacité de 600 places, est située dans le complexe de la basilique de la Sainte Trinité. Elle est utilisée lors des célébrations officielles du sanctuaire de Fatima.

Chapelle de la Résurrection de Jésus

Cette chapelle de 200 places est située dans le complexe de la basilique de la Sainte Trinité.